Ensefalitis autoimun adalah penyakit radang sistem saraf pusat, terutama terkait dengan respons autoimun, yang terjadi terutama karena sistem kekebalan tubuh pasien “tidak membedakan antara musuh dan dirinya sendiri” dan kesalahan jaringan otaknya sendiri untuk antigen asing, menciptakan “serangan” spesifik pada jaringan otaknya sendiri. “Antibodi spesifik dan serangan kekebalan pada jaringan otak dapat diinduksi oleh infeksi dan akhirnya memicu proses peradangan jaringan otak. Mekanisme patogeniknya tidak diketahui, dan pada tingkat yang lebih rendah, hal ini mungkin terkait dengan faktor predisposisi seperti tumor dan infeksi, termasuk teratoma, tumor (sindrom paraneoplastik), dan infeksi virus herpes simpleks/mycoplasma/streptokokus.