Ensefalitis autoimun dapat kambuh, tetapi gejalanya biasanya ringan, dan bahkan ketika sudah sembuh, ensefalitis autoimun memerlukan tindakan pencegahan untuk mencegah kekambuhan.
Sekitar 10-30% kasus ensefalitis autoimun cenderung kambuh, tetapi kalaupun kambuh, gejalanya relatif ringan. Ensefalitis autoimun harus diobati secara menyeluruh saat pertama kali, yang sangat penting untuk prognosisnya, dan jumlah serta durasi hormon dan imunosupresan harus benar-benar dipatuhi oleh dokter.
Ensefalitis autoimun memerlukan tindakan pencegahan, seperti penggunaan mertitol dan azatioprin untuk mengurangi kekambuhan, serta skrining rutin untuk tumor sistemik, karena beberapa episode ensefalitis autoimun telah dikaitkan dengan sindrom paraneoplastik.
Obat-obatan harus diberikan di bawah pengawasan medis dan tidak boleh digunakan tanpa izin.