Pasien dengan ensefalitis autoimun biasanya menjalani pengobatan selama dua hingga tiga bulan setelah keluar dari rumah sakit dan perlu merawat diri mereka sendiri.
Biasanya, ensefalitis autoimun diangkat melalui pembedahan jika terdapat teratoma atau tumor lainnya. Setelah operasi, pasien perlu minum obat selama sekitar 2 ~ 3 bulan untuk mempercepat pemulihan tubuh setelah operasi dan menghindari kambuhnya penyakit. Namun, karena perbedaan individu, pasien perlu dirawat sesuai dengan kondisi mereka sendiri dan di bawah bimbingan dokter.
Umumnya, pasien perlu menggunakan glukokortikosteroid seperti metilprednisolon dan prednison asetat seperti yang diresepkan oleh dokter, sementara beberapa pasien perlu menggunakan imunoglobulin dalam kombinasi, dan jika obat di atas tidak efektif, maka rituximab, siklofosfamid, dan merti-makrolida dapat digunakan. Azatioprin juga digunakan untuk mencegah kekambuhan penyakit.
Beberapa pasien epilepsi juga perlu menggunakan sodium valproate, levetiracetam dan obat antiepilepsi lainnya, jika pasien memiliki gejala mental, tetapi juga mengikuti petunjuk dokter untuk menggunakan lorazepam, olanzapine, haloperidol dan obat antipsikotik lainnya.
Pada saat yang sama, pasien biasanya perlu mengembangkan kebiasaan yang baik, untuk memastikan tidur yang cukup, dan pasien juga perlu lebih memperhatikan kebersihan diri, untuk mencegah infeksi. Dan pasien juga perlu secara aktif mengatur pola makan, untuk memastikan asupan gizi yang seimbang, menghindari makanan pedas dan merangsang, agar tidak memperparah gejala.
Disarankan agar pasien ensefalitis autoimun mengikuti petunjuk dokter tepat waktu, karena risiko kekambuhan, pasien tidak boleh berhenti minum obat tanpa izin, untuk menghindari kambuhnya penyakit.