Pembedahan untuk kista pineal berisiko dan invasif karena daerah pineal berada jauh di dalam bagian tengah otak, daerah yang padat dengan pembuluh darah, saraf dan jaringan otak yang penting, dan pembedahan dapat mengakibatkan komplikasi serius, menyebabkan gangguan gerakan mata, diplopia, perdarahan intraoperatif, hemiplegia pasca operasi dan bahkan koma dan kematian. Kista pineal tidak mudah dioperasi kecuali jika kista menyebabkan hidrosefalus obstruktif, yang mengakibatkan sakit kepala, mual, muntah atau bahkan koma. Pembedahan biasanya dilakukan dengan kraniotomi, eksisi kista melalui tirai serebelar oksipital inferior, dengan hati-hati untuk melindungi struktur penting seperti vena serebral besar yang mengelilingi kista.