Karena lokasi spesifik kista selubung tendon plantar, yang sering mengalami gesekan dan tekanan, maka disarankan untuk mengobati kista secara agresif setelah didiagnosis. Umumnya ada tiga cara untuk mengobatinya: cara pertama adalah dengan memencetnya dengan tangan, tetapi tingkat kekambuhan relatif tinggi karena meskipun kista dipencet dan cairannya tersebar ke jaringan di sekitarnya, namun dinding kista tidak dihilangkan, sehingga tingkat kekambuhannya relatif tinggi. Metode kedua adalah tusukan lokal, setelah itu hormon seperti Depo-Provera, prednisolon, dll. disuntikkan, biasanya setiap 5-7 hari sekali, 2-3 kali berturut-turut. Beberapa pasien dapat disembuhkan dengan metode ini, tetapi ini juga merupakan pengobatan dengan tingkat kekambuhan yang relatif tinggi. Metode ketiga, metode dengan tingkat kekambuhan terendah dan pengobatan yang paling lengkap, adalah pembedahan.