Reaksi merugikan terhadap obat tuberkulosis bervariasi tergantung pada obat pilihan. Reaksi merugikan yang paling umum ditemukan dalam praktik klinis adalah gangguan fungsi hati pasien, menyebabkan peningkatan aminotransferase glutamat, yang dapat menyebabkan ketidaknyamanan gastrointestinal, mual, muntah, diare, dll. Obat lain juga dapat menyebabkan ruam obat dan reaksi alergi. Obat TBC dapat dibagi menjadi obat anti-tuberkulosis lini pertama dan obat anti-tuberkulosis lini kedua. Secara umum, obat lini pertama kurang dapat ditoleransi dan memiliki lebih sedikit reaksi merugikan, sedangkan obat lini kedua memiliki lebih banyak efek samping daripada obat lini kedua. Pengobatan anti-tuberkulosis memerlukan kombinasi obat untuk mencegah resistensi obat, dan efek sampingnya bervariasi tergantung pada obat pilihan. Isoniazid dapat menyebabkan neuropati perifer, toksisitas sistem saraf pusat dan kerusakan hati, rifampisin dapat menyebabkan ketidaknyamanan saluran cerna dan kerusakan hati, etambutol dapat menyebabkan neuritis optik retrobulbar dan reaksi alergi, dan pirazinamid dapat menyebabkan sakit perut, diare, dan kerusakan hati terkait obat.