Tingkat nyeri secara keseluruhan pada pasien kolonoskopi adalah rata-rata. Studi klinis telah menunjukkan bahwa apakah kolonoskopi itu menyakitkan dan tingkat keparahan rasa sakit terkait dengan metode pemeriksaan, keakraban pemeriksa, dan situasi individu pasien dalam kondisi kolonoskopi yang sama, dan tidak dapat disamaratakan. Saat ini, kolonoskopi di Cina umumnya dilakukan oleh satu orang, dan pasien mungkin akan merasakan sedikit nyeri perut selama pemeriksaan. Untuk pasien yang sangat gugup atau menjalani operasi perut untuk perlengketan usus, serta anak-anak yang lebih muda dapat dibius untuk kolonoskopi tanpa rasa sakit, pasien dapat menyelesaikan pemeriksaan dalam waktu lebih dari sepuluh menit, proses pemeriksaan biasanya tidak menimbulkan rasa sakit dan tidak terlalu berisiko, tetapi biaya pemeriksaan akan meningkat. Selain itu, tingkat operasi dokter yang memeriksa juga berdampak pada rasa sakit yang dirasakan pasien, jika tingkat operasi dokter tinggi, ia akan meminimalkan berapa kali kolonoskop menarik dinding usus dan mengurangi ketidaknyamanan pasien. Pasien yang sering mengalami konstipasi memiliki usus besar yang panjang dan melengkung, sehingga mengalami lebih banyak rasa sakit daripada pasien yang mengalami diare. Pasien dengan riwayat bedah perut dan panggul yang memerlukan kolonoskopi harus menemui dokter yang berpengalaman dalam melakukan prosedur ini, yang dapat mengurangi ketidaknyamanan sampai batas tertentu. Mereka yang mengalami kesulitan dengan endoskopi biasa harus memilih menjalani kolonoskopi tanpa rasa sakit.