Batang otak meliputi (mesencephalon bawah, otak tengah, pontocerebellum, dan medulla oblongata) dan biopsi berisiko dan memiliki respons pasca operasi yang berat. Biopsi lesi meduler umumnya tidak dianjurkan. Situs terbaik untuk lesi dan tumor batang otak adalah di pontocerebellum dan lengan pontocerebellar, sehingga mereka juga yang paling umum. Sembilan puluh persen tumor batang otak adalah glioma, sementara lebih dari setengahnya adalah astrositoma, sebagian besar di otak pontine, diikuti oleh medula oblongata, dan jarang di otak tengah. Astrositoma batang otak dapat dilihat pada CT sebagai penebalan batang otak, asimetri antara kiri dan kanan dan munculnya lesi tumor hipo atau campuran. Namun demikian, CT tidak seideal MRI untuk menunjukkan glioma batang otak. Lintasan biopsi harus sejajar dengan batang otak dalam posisi sagital, dengan jalur tusukan mengikuti sumbu longitudinal batang otak dan batas medial tirai serebelar pada bidang koronal, dan jarum biopsi harus menghindari melewati kolam interpeduncular dan sirkumferensial. Ilustrasi ② Untuk lesi pada pontocerebellum dan lengan pontine di bawah tingkat pertengahan kaki serebelum, pasien dapat ditempatkan dalam posisi tengkurap atau lateral dan pendekatan transkranial melalui fossa kranial posterior melalui sisi otak kecil digunakan. (3) Lesi batang otak cukup kecil sehingga sejumlah besar spesimen biopsi tidak dapat dikumpulkan, dan spesimen dapat diambil dengan aspirasi jarum halus. Amadani merangkum data dari 13 pusat biopsi dan menemukan tingkat positif 96% untuk biopsi stereotaktik lesi batang otak. setengah dari kasus didiagnosis sebagai neuroglioma, karsinoma metastatik dan setengah lainnya sebagai hematoma, malformasi vaskular, limfoma, lesi demielinasi, kista, radionekrosis, abses, vaskulitis, infark, leukemia, infeksi kriptokokus atau granuloma. goncalves- Ferreira dkk. melaporkan 30 biopsi stereotaktik dari dugaan glioma batang otak; hanya setengahnya yang juga dikonfirmasi sebagai astrositoma, dan sebagian besar (8/14) adalah tumor non-invasif nodular kecil.