Prognosis kanker vagina terkait dengan jenis patologisnya, usia pasien, dan status fisik pasien itu sendiri. Secara umum, kanker vagina stadium awal tanpa kelenjar getah bening dan metastasis jauh memiliki prognosis yang lebih baik.
Penelitian menunjukkan bahwa tingkat kelangsungan hidup 5 tahun kanker vagina secara keseluruhan adalah 35% ~ 78%, di antaranya prognosis kanker vagina stadium I dan II lebih baik. Pasien dengan jenis adenokarsinoma patologis memiliki tingkat kelangsungan hidup 5 tahun yang lebih tinggi, yaitu 80% hingga 87%; tingkat kelangsungan hidup 5 tahun untuk staphylosarcoma sekitar 68,4%; dan tingkat kelangsungan hidup 5 tahun untuk melanoma vagina sekitar 15%, dengan prognosis terburuk.
Kanker vagina dapat diobati dengan radioterapi, atau pembedahan, tergantung pada usia pasien, stadium penyakit, lokasi lesi, jenis histopatologi, dan ukuran tumor. Kanker vagina stadium awal dapat diobati dengan pembedahan, yang dapat memilih cara transabdominal, transvaginal, atau translaparoskopi untuk mengangkat jaringan vagina dan rahim.