Untuk bayi baru lahir, yang nilai penyakit kuningnya berada di bawah 5mg/dl, vaksinasi hepatitis B dapat dipertimbangkan. Setelah pasien lahir, jika sedikit di atas nilai ini pada saat vaksinasi, juga dapat diberikan. Namun, jika pasien mengalami ikterus patologis dengan nilai ikterus yang tinggi, disarankan agar vaksinasi hepatitis B pasien ditunda dan dilakukan pemeriksaan lebih lanjut untuk melihat apakah anak tersebut memiliki atresia bilier atau gangguan sistem bilier lainnya, atau jika pasien memiliki kelainan bawaan hati lainnya yang menyebabkan transaminase pasien meningkat dan bilirubin pasien meningkat. Jika terdapat atresia bilier atau penyakit bilier atau hati lainnya, pasien harus diobati secara agresif dan bilirubin harus dikurangi hingga kurang dari 5mg/dl setelah penyakit membaik sehingga vaksinasi aman. Selain itu, anak harus menerima dosis kedua vaksin hepatitis B satu bulan setelah penyuntikan dan dosis ketiga vaksin hepatitis B sekitar enam bulan kemudian. Dengan tiga dosis vaksin hepatitis B, pasien akan memiliki perlindungan kekebalan diri dan akan kebal terhadap virus hepatitis B kronis.