Ada beberapa efek samping yang terkait dengan CT yang disempurnakan, tetapi pada umumnya dapat diterima dan tidak menyebabkan kerusakan pada tubuh dan tubuh biasanya pulih dalam waktu sekitar 1-3 hari. Efek samping peningkatan CT biasanya disebabkan oleh media kontras. Biasanya, kontras diekskresikan setelah beberapa jam setelah tes. Namun demikian, sebagian pasien, khususnya mereka yang memiliki alergi, mungkin mengalami reaksi alergi ringan seperti gatal-gatal, pembilasan, oedema dan oedema laring ringan, yang biasanya memerlukan waktu 1-3 hari untuk sembuh dengan sendirinya dan tidak memerlukan perawatan khusus. Oleh karena itu, pasien harus diobservasi selama sekitar 1-2 jam setelah pemeriksaan CT yang disempurnakan dan tidak boleh pulang sampai tidak ada kelainan. Pasien juga harus menyadari bahwa mereka tidak boleh makan sebelum pemeriksaan dan harus diperiksa dalam keadaan perut kosong. Pasien dengan hipertiroidisme berat atau alergi terhadap agen kontras yodium sebaiknya tidak menjalani CT yang ditingkatkan.