Prognosis untuk pasien dengan ensefalopati hepatik tergantung pada tingkat kegagalan hepatoseluler. Prognosis lebih baik jika penyebabnya ditemukan dan mudah diobati; prognosis juga lebih baik untuk pasien dengan fungsi hati yang baik, shunt dan asupan protein yang tinggi; pasien dengan asites, ikterus dan kecenderungan untuk berdarah menunjukkan fungsi hati yang buruk dan prognosisnya juga buruk; prognosis paling buruk untuk ensefalopati hepatik karena gagal hati fulminan (akut).