Penyebab klinis umum ensefalopati hepatik adalah karena peningkatan amonia darah, yang umumnya disebabkan oleh alasan-alasan berikut ini: 1. Infeksi, umumnya infeksi perut, infeksi saluran kemih, infeksi paru-paru, dll., karena peningkatan bakteri dalam tubuh, peningkatan produksi amonia bakteri dan ensefalopati hati. 2. Konsumsi makanan berprotein tinggi yang berlebihan, penguraian protein menjadi amonia, sehingga peningkatan amonia darah menyebabkan ensefalopati hati. 3. Biasanya ensefalopati hepatik disebabkan oleh pecahnya varises fundik esofagogastrik dan perdarahan, yang menyebabkan peningkatan amonia darah. Selain peningkatan amonia darah, juga dapat dilihat pada asites dalam jumlah besar, penggunaan diuretik hipokalemia, ensefalopati hepatik yang diinduksi alkalosis sekunder, atau penggunaan obat penenang dan hipnotik seperti Valium juga mudah diinduksi ensefalopati hepatik.