Prognosis pasien dengan ensefalopati hepatik tergantung pada tingkat kegagalan hepatoseluler. Prognosis lebih baik jika penyebabnya ditemukan dan mudah diobati; prognosis lebih baik jika hati berfungsi dengan baik, jika shunt telah dilakukan dan jika ensefalopati hepatik disebabkan oleh diet protein tinggi; prognosis lebih buruk pada pasien dengan asites, ikterus dan kecenderungan untuk berdarah, menunjukkan fungsi hati yang buruk; prognosis terburuk pada ensefalopati hepatik karena gagal hati fulminan (akut).