Untuk pasien dengan diagnosis dini dan pengobatan ensefalitis virus herpes simpleks, prognosis mereka lebih baik dan sebagian besar dari mereka dapat disembuhkan, tetapi beberapa pasien mungkin ditinggalkan dengan gejala sisa, dan jika pasien gagal tepat waktu atau pengobatan, prognosis mereka buruk dan tingkat kematian setinggi 60-80%.