Peningkatan alfa fetoprotein harus sangat diwaspadai untuk kanker hati primer, serta kemungkinan peningkatan alfa fetoprotein pada wanita hamil. Penyebab paling menonjol dari peningkatan AFP adalah kanker hati primer. Sejumlah besar alfa-fetoprotein terdapat dalam serum pasien dengan kanker hati primer. Kadar alfa-fetoprotein serum yang lebih besar dari 400 μg/L dapat digunakan sebagai ambang batas diagnostik untuk kanker hati primer. Bila konsentrasi alfa-fetoprotein meningkat tetapi tidak melebihi 500 μg/L, maka hal ini bersifat sementara dan dapat dianggap sebagai hepatitis virus, hepatitis fulminan. Jika pasien memiliki konsentrasi metaemoglobin yang sangat tinggi, ini adalah situasi di mana kemungkinan karsinoma hepatoseluler primer harus sangat diperhatikan. Umumnya, diagnosis karsinoma hepatoseluler dapat ditegakkan jika AFP lebih besar dari 500 μg/L selama 4 minggu atau lebih besar dari 200 μg/L selama 8 minggu, berdasarkan pengecualian kehamilan dan tumor kuman germinal. Tentu saja, untuk memastikan diagnosis karsinoma hepatoseluler primer, tes lebih lanjut seperti ultrasonografi hati, CT scan, dan, jika perlu, pungsi tumor hati untuk pemeriksaan patologis diperlukan untuk keakuratan yang lebih tinggi. Jika pasien memiliki AFP yang meningkat secara signifikan, penting untuk memperhatikan kemungkinan kanker hati. Jika seorang wanita hamil memiliki AFP yang meningkat, ini juga merupakan fenomena fisiologis, jadi penting untuk memperhatikan penyebab peningkatan AFP dan apakah itu fisiologis.