Septum transvaginal adalah kelainan cacat bawaan. Septum vagina transversal adalah lempeng vagina yang berkembang selama pertumbuhan embrio dari sinus urogenitalis, bola vagina, ke arah ujung sefalika, dan terhalang dalam proses luminalisasinya dari bawah ke atas, dan tidak melewati atau tidak sepenuhnya mengalami luminalisasi. Hal ini sering terjadi pada persimpangan sepertiga bagian atas dan tengah vagina, tetapi dapat terjadi di mana saja di dalam vagina hingga ke ujung vagina, di dekat leher rahim. Septum melintang yang lengkap jarang terjadi dan dapat menyebabkan atresia vagina; biasanya terdapat lubang kecil di bagian tengah atau samping septum, yang ukurannya bervariasi. Jika tidak ada lubang pada septum vagina, mungkin terdapat nyeri perut bagian bawah secara berkala tanpa menstruasi, dalam kasus lubang kecil mungkin terdapat aliran menstruasi yang buruk, dan dalam kasus septum yang terletak di bagian bawah atau tengah vagina mungkin terdapat hubungan seksual yang tidak memuaskan. Beberapa pasien mungkin tidak memiliki gejala klinis. Hal pertama yang harus dicari adalah lokasi septum, yang jarang rendah, dan adanya lubang kecil pada septum (seringkali di bagian tengah). Jika ada lubang, probe uterus dapat dimasukkan ke dalam lubang untuk menyelidiki lebar dan kedalaman rongga vagina di atas lubang kecil; jika tidak ada lubang, jarum kasar dapat digunakan untuk menusuk lubang, mencatat kedalaman penetrasi saat mengeluarkan darah yang terkumpul untuk memperkirakan ketebalan septum, dan kemudian probe bedah dapat dimasukkan melalui lubang tusukan untuk memahami lebar dan kedalaman rongga vagina di atas septum untuk diagnosis pasti. Septum vagina melintang harus dibedakan dari atresia hymen. Hal ini mudah dibedakan berdasarkan gejala dan pemeriksaan ginekologi. Namun, pada kasus atresia lengkap, gejalanya pada dasarnya sama dengan atresia hymenalis.