Septum vagina melintang adalah lempeng vagina yang berkembang selama masa embrio dari sinus urogenital, bola vagina, menuju ke ujung sefalika vagina, dan terhalang dalam luminalisasinya dari bawah ke atas, yang menghasilkan luminalisasi vagina melintang yang tidak lengkap atau tidak sempurna. Hal ini sering terjadi pada persimpangan sepertiga bagian atas dan tengah vagina, tetapi juga dapat terjadi di mana saja di dalam vagina hingga ke ujung vagina, di dekat leher rahim. Hal ini mungkin disebabkan oleh ujung ekor tuba paramedian di kedua sisi yang tidak terhubung ke sinus urogenitalis. Septum transversal yang lengkap jarang terjadi dan dapat menyebabkan atresia vagina; biasanya terdapat lubang kecil di bagian tengah atau samping septum, yang ukurannya bervariasi dan mengganggu drainase cairan vagina dan darah menstruasi. Septum vagina transversal adalah hasil dari lempeng vagina yang berkembang selama masa embrio dari sinus urogenital, bola vagina, yang berkembang biak dan tumbuh ke arah ujung sefalika, dan terhalang dalam luminalisasinya dari bawah ke atas, dengan septum vagina transversal yang tidak tembus atau tidak terluminalisasi sepenuhnya. Septum transversal dapat terjadi pada bagian yang lebih tinggi dari vagina dan dapat bersifat atretik sebagian, yang tidak mengganggu kehidupan seksual dan memungkinkan terjadinya pembuahan, tetapi mengganggu persalinan janin selama persalinan, sehingga septotomi transversal harus dilakukan selama persalinan. Ada atau tidaknya gejala klinis septum vagina tergantung pertama-tama pada ada atau tidaknya lubang kecil pada septum dan kedua pada ketinggian posisinya. Ketebalannya juga bervariasi, dengan beberapa septa vagina yang sangat tipis dan seperti kertas dan yang lainnya lebih tebal. Sebagian besar memiliki lubang kecil di tengah septum, yang kadang-kadang hanya dapat dilewati melalui pemeriksaan halus, sehingga darah menstruasi dapat mengalir keluar tanpa gejala hingga setelah menikah, ketika kepala janin terhalang karena kesulitan saat berhubungan intim atau selama persalinan. Jika tidak ada lubang pada septum, gejala dapat timbul setelah darah menstruasi terperangkap setelah menarche. Saat memeriksa septum vagina melintang, hal pertama yang harus dicari adalah lubang kecil pada septum (biasanya di bagian tengah), dan jika ada lubang, probe dapat dimasukkan ke dalam septum untuk memeriksa lebar dan kedalaman vagina di atas lubang tersebut. Septum vagina yang tidak lengkap sering terjadi dan sering terlewatkan karena tidak bergejala secara klinis.