Septum transvaginal adalah kelainan cacat bawaan. Septum vagina transversal adalah lempeng vagina yang berkembang selama pertumbuhan embrio dari sinus urogenitalis, bola vagina, ke arah ujung sefalika, dan terhalang dalam proses luminalisasinya dari bagian bawah ke atas, dan tidak melewati atau tidak sepenuhnya mengalami luminalisasi. Hal ini sering terjadi pada persimpangan sepertiga bagian atas dan tengah vagina, tetapi juga di mana saja di dalam vagina, hingga ke ujung vagina, di dekat leher rahim. Septum transversal yang lengkap jarang terjadi dan dapat menyebabkan atresia vagina; biasanya terdapat lubang kecil di bagian tengah atau samping septum, yang ukurannya bervariasi. Septum vagina melintang adalah hasil dari lempeng vagina yang berkembang selama masa embrio dari sinus urogenital, bola vagina, yang berkembang biak dan tumbuh menjadi cephalad, dan terhalang selama luminalisasi dari bawah ke atas, dengan septum vagina melintang yang tidak tembus atau tidak terluminalisasi sepenuhnya. Hal ini sering terjadi pada persimpangan sepertiga bagian atas dan tengah vagina, tetapi juga dapat terjadi di mana saja di dalam vagina hingga ke ujung vagina, di dekat leher rahim. Hal ini mungkin disebabkan oleh ujung ekor tuba paramedian di kedua sisi yang tidak terhubung ke sinus urogenitalis. Septum melintang yang lengkap jarang terjadi dan dapat menyebabkan atresia vagina; biasanya terdapat lubang kecil di bagian tengah atau samping septum, yang ukurannya bervariasi dan mengganggu drainase cairan vagina dan darah menstruasi.