Setelah diagnosis hidrosefalus ditegakkan, pilihan pengobatan menjadi masalah pilihan. Hidrosefalus adalah salah satu penyakit yang paling sederhana dan paling mudah diobati. Tetapi, ini juga yang paling kompleks dan sulit diobati. Sederhananya, salah satu jenis hidrosefalus dapat diobati dengan prosedur shunt, tetapi ada beberapa kelemahan yang melekat pada operasi shunt. Pertama, membawa shunt di dalam tubuh Anda selama sisa hidup Anda adalah hal yang sangat sulit untuk diterima. Ada juga risiko infeksi saat shunt berada di dalam tubuh, dan pada sebagian besar kasus, shunt perlu dilepas atau infeksi akan sulit disembuhkan. Hal ini bisa sangat merugikan pasien dan tertunda untuk waktu yang lama. Shunt harus diganti jika terhalang, rusak, sudah tua, dll. Persentase yang tinggi dari pasien dengan shunt yang sudah terlalu lama terpasang dapat mengembangkan sindrom ventrikel lakunar, di mana pasien memiliki tekanan intrakranial yang tinggi dan gejala-gejala seperti sakit kepala intermiten dan bahkan gangguan kognitif. Pilihan terbaik yang tersedia untuk mengatasi masalah tersebut adalah penempatan shunt pengatur tekanan. Solusi terbaik untuk hidrosefalus adalah ventrikulostomi ketiga, yang memiliki keuntungan karena tidak memerlukan shunt untuk dibawa, tetapi memiliki kelemahan yaitu efektif untuk hidrosefalus obstruktif dan bukan untuk hidrosefalus lalu lintas. Penting untuk dicatat bahwa sebagian besar shunt yang dilakukan lebih awal (biasanya sekitar 10 tahun) adalah bagian dari hidrosefalus obstruktif. Setelah shunt menjadi bermasalah, hal pertama yang harus dipertimbangkan adalah apakah fistula bisa dilakukan, dan jika fistula layak, shunt bisa dilepas. Ada juga proporsi hidrosefalus yang sangat sulit ditangani, yang disebut hidrosefalus refrakter secara klinis, dan memerlukan penanganan komprehensif jangka panjang, dan bahkan hasil yang baik pun tidak selalu memungkinkan.