Jika keratitis tetap tidak terkontrol setelah pengobatan yang memadai, jaringan stroma kornea terus mengalami nekrosis dan mengelupas akibat kombinasi kompleks dari racun bakteri dan faktor imunologi, ulkus terus berkembang semakin dalam, dan lebih jauh lagi, terjadi perforasi pada lokasi ulkus kornea. Jika transplantasi kornea terapeutik tidak dilakukan, peradangan akan meluas dengan cepat ke dalam mata, yang pada akhirnya menyebabkan oftalmoplegia total dan kehilangan penglihatan. Jika transplantasi kornea lamelar dipilih saat lesi belum menyerang seluruh kornea, jaringan yang sakit dapat diangkat dan penolakan imun pascaoperasi dapat dikurangi. Jika lesi telah melibatkan seluruh kornea, transplantasi kornea tembus dilakukan untuk mengangkat seluruh jaringan yang sakit dan mengontrol peradangan sehingga dapat menghindari perforasi kornea dan menyelamatkan mata. Namun, karena transplantasi kornea dilakukan dalam keadaan kongesti dan inflamasi yang sangat parah, maka ada kemungkinan kambuhnya inflamasi setelah operasi; selain itu, inflamasi dan kongesti akan meningkatkan kemungkinan penolakan kekebalan tubuh terhadap transplantasi kornea. Oleh karena itu, pengobatan pasca operasi harus diikuti dengan ketat, dan tindak lanjut yang tepat waktu.