Sebagian besar sakit perut disebabkan oleh pergerakan usus yang hiperaktif, adanya peradangan, dan ketidakseimbangan flora, yang juga merupakan faktor utama yang menyebabkan diare. Sakit perut dan diare sebagian besar terjadi bersamaan dan terutama disebabkan oleh adanya penyakit dalam sistem usus. Pada sebagian orang, sakit perut disebabkan oleh disfungsi usus dan hiper-peristaltik, yang disertai dengan diare karena gerakan peristaltik terlalu cepat dan isi usus juga dikeluarkan dengan cepat selama gerakan peristaltik. Faktor peradangan dilepaskan ketika terjadi peradangan pada mukosa usus, menyebabkan rasa sakit di perut karena iritasi otot polos dinding usus. Produk metabolisme bakteri berbahaya yang diproduksi secara berlebihan dapat menyebabkan sakit perut akibat iritasi pada dinding usus, dan bakteri berbahaya juga dapat merangsang gerak peristaltik usus dan mempengaruhi penyerapan usus, sehingga memicu diare.