Gejala utama dispepsia fungsional adalah perut kembung, usus bergemuruh, perut kembung, dan buang air besar yang buruk. Gejala utama dispepsia fungsional adalah perut kembung, usus keroncongan, peningkatan sendawa, dan buang air besar yang buruk. Faktor-faktor ini dapat menyebabkan fermentasi makanan yang berlebihan dalam saluran pencernaan dan meningkatkan sendawa. Beberapa sendawa dikeluarkan secara fisiologis melalui sendawa dan ventilasi, sementara sendawa lainnya membentuk stagnasi dalam saluran usus dan menyebabkan peningkatan aliran cairan usus dan suara gas yang melewati air. Namun demikian, banyak gangguan pencernaan lainnya yang dapat menyebabkan pasien mengalami gejala-gejala yang merugikan ini, seperti mukositis usus kronis, gastritis superfisial kronis, dan gangguan flora usus.