Jika kanker hati dengan tumor terdeteksi dengan USG atau CT, penting untuk mengidentifikasi apakah tumor ini telah berkembang di dalam hati atau telah bermetastasis dari tumor ganas di tempat lain. Hal ini karena pengobatan dan hasil dari kedua jenis kanker hati ini sangat berbeda. Kanker hati yang berkembang dari transformasi ganas hepatosit atau sel epitel saluran empedu yang kecil di dalam hati disebut kanker hati primer. Jika tumor ganas dari organ lain bermetastasis ke hati melalui darah atau pembuluh limfatik, jenis kanker hati ini disebut kanker hati sekunder. Sebagian besar kanker hati primer memiliki riwayat hepatitis dan atau sirosis, dan penanda infeksi virus hepatitis B atau C sering dapat dideteksi, dan sebagian besar pasien menjalani tes serum untuk alfa-fetoprotein. Sebaliknya, sebagian besar kanker hati sekunder tidak memiliki latar belakang penyakit hati dan sering kali memiliki riwayat pembedahan untuk kanker saluran cerna, paru-paru atau payudara atau kanker primer yang terdeteksi pada organ-organ ini. Kanker hati primer lebih baik diobati dengan pembedahan jika tidak ada metastasis intrahepatik atau metastasis jauh yang terjadi. Sebaliknya, kanker hati sekunder sulit disembuhkan melalui pembedahan karena telah bermetastasis dari organ primer ke hati, sehingga perawatan non-bedah seperti kemoembolisasi lebih banyak digunakan.