Dengan adanya defek septum atrium, darah mengalir dari bypass kiri ke kanan, volume darah jantung kanan meningkat, terjadi pembesaran atrium kanan dan ventrikel kanan, dinding ventrikel menebal, arteri pulmonalis melebar ke berbagai derajat, volume darah dalam sirkulasi paru meningkat, dan tekanan arteri pulmonalis meningkat. Seiring perkembangan penyakit, dinding arteri pulmonalis kecil mengalami hiperplasia endotel, penebalan lapisan tengah dan penyempitan lumen, sehingga meningkatkan resistensi pembuluh darah paru. Hipertensi pulmonal berubah dari yang dinamis menjadi resistensi, dengan tekanan yang meningkat di atrium kanan dan ventrikel kanan, dan pada tahap akhir penyakit ini, tekanan atrium kanan melebihi atrium kiri, dengan shunt kanan ke kiri dan wadah ungu klinis dan gagal jantung.