Seperti halnya penyakit jantung bawaan lainnya, sekarang diperkirakan sebagai hasil dari interaksi yang kompleks antara faktor genetik dan lingkungan yang dapat mempengaruhi perkembangan janin dan menghasilkan malformasi kongenital. (1) Faktor lingkungan dalam perkembangan janin: Infeksi, infeksi virus atau bakteri pada trimester pertama, terutama virus rubella dan pada tingkat yang lebih rendah coxsackievirus, memiliki insiden penyakit jantung bawaan yang lebih tinggi pada bayi yang lahir dengan infeksi ini. Lainnya: seperti lesi pada selaput ketuban, kompresi janin, aborsi prematur dini, malnutrisi ibu, diabetes mellitus, fenilketonuria, hiperkalemia, penggunaan radiasi dan obat sitotoksik pada awal kehamilan, dan usia lanjut ibu, semuanya memiliki potensi untuk menyebabkan penyakit jantung bawaan pada janin. (2) Faktor genetik: Sebagian besar penyakit jantung bawaan adalah hasil interaksi dari beberapa gen dan faktor lingkungan. (3) Lain-lain: Beberapa penyakit jantung bawaan lebih sering terjadi di daerah dataran tinggi, dan beberapa penyakit jantung bawaan memiliki perbedaan gender yang signifikan dalam kejadiannya, menunjukkan bahwa ketinggian dan jenis kelamin saat lahir juga terkait dengan perkembangan penyakit. Di antara pasien dengan penyakit jantung bawaan, jarang sekali penyebabnya dapat diidentifikasi. Namun, memperkuat perawatan kesehatan untuk wanita hamil, terutama secara aktif mencegah rubella, influenza dan penyakit virus rubella lainnya dan menghindari semua faktor yang berkaitan dengan timbulnya penyakit pada tahap awal kehamilan, memiliki signifikansi positif dalam mencegah penyakit jantung bawaan.