Pasien dengan atresia rentan terhadap fungsi usus yang tidak normal dan peningkatan frekuensi tinja. Pasien dengan atresia anal sedang hingga tinggi memiliki gejala sisa terutama terkait dengan fungsi usus setelah operasi, dan pasien dengan atresia anal rentan terhadap gejala seperti agenesis rektum, agenesis anal atau displasia. Pasien dengan atresia anal sedang hingga tinggi rentan terhadap fungsi usus yang tidak normal setelah operasi, dan beberapa di antaranya rentan terhadap manifestasi seperti ketidakmampuan untuk mengontrol tinja dan peningkatan frekuensi tinja. Beberapa pasien perlu menjalani laparotomi, yang dapat dengan mudah menghasilkan perlengketan usus setelah laparotomi, dan dalam kasus yang parah, dapat dengan mudah menyebabkan obstruksi usus, yang perlu diobati dengan operasi lagi.