Kunci penanganan atresia anal adalah diagnosis dini dan penanganan bedah dini.
Hasil yang tepat setelah pembedahan tergantung pada jenisnya.
Atresia anal rendah memiliki prognosis yang baik, dengan kontrol usus pascaoperasi yang lebih baik.
Atresia anal tinggi ditangani secara minimal invasif laparoskopi dengan hasil yang baik dan inkontinensia fekal jarang terjadi.