Penyebab kelainan bentuk jantung janin berkaitan dengan faktor genetik, mikroba patogen, kimiawi, dan fisik. Faktor ibu: 1. Diabetes mellitus pada ibu, penyakit jaringan ikat (seperti lupus eritematosus sistemik) 2. Infeksi virus (terutama virus rubella) pada awal kehamilan, riwayat pengobatan 3. Paparan radiasi dan zat kimia pada awal kehamilan 4. Usia ibu yang sudah lanjut (>35 tahun), kehamilan yang tidak normal, riwayat penyakit jantung prematur dalam keluarga, riwayat melahirkan dengan penyakit jantung prematur, dan sebagainya. 2. Faktor janin: 1. Kelainan bentuk janin pada organ tubuh lainnya: seperti hidrosefalus, arteri umbilikalis tunggal, dan sebagainya. 2. Kelainan kromosom 3. Kelainan denyut jantung janin 4. Oedema janin 5. Kelainan cairan ketuban 6. Keterbelakangan pertumbuhan janin.