Gejalanya muncul antara 3 dan 6 minggu setelah lahir, atau lebih awal, dan sangat jarang setelah usia 4 bulan. Muntah adalah gejala utama, awalnya hanya muntah-muntah, diikuti dengan muntah-muntah. Ini dimulai dengan muntah sesekali, dan seiring dengan meningkatnya obstruksi, muntah terjadi hampir setiap kali makan. Muntahannya berupa lendir atau susu, dan jika tertahan di dalam perut untuk jangka waktu yang lebih lama, dadih dimuntahkan tanpa empedu. Dalam beberapa kasus, karena gastritis yang mudah tersinggung, muntahannya mengandung darah segar atau darah yang telah didenaturasi. Setelah muntah, bayi masih memiliki selera makan yang kuat dan dapat menyusu dengan kuat jika disusui lagi. Pada bayi yang belum dewasa, gejalanya sering tidak khas dan pengeluarannya tidak signifikan. Seiring dengan meningkatnya muntah, berat badan bayi tidak meningkat pada awalnya dan kemudian menurun dengan cepat karena asupan susu dan air yang tidak mencukupi, output urin menurun secara nyata dan bayi mengeluarkan tinja kecil dan keras setiap beberapa hari sekali. Muntah yang terjadi secara dini dan hilangnya asam lambung dalam jumlah besar dapat menyebabkan alkalosis, pernapasan yang dangkal dan lambat, serta laringospasme dan kejang-kejang pada tangan dan kaki. Diagnosis yang paling dapat diandalkan didasarkan pada palpasi massa pilorus. Jika massa tidak teraba, ultrasonografi waktu nyata atau makan barium dapat dilakukan untuk membantu memperjelas diagnosis. Setelah penyesuaian positif dari lingkungan internal, pembedahan dilakukan sesegera mungkin. Prosedur ini sekarang sudah mapan dan dapat dilakukan secara laparoskopi, dengan dimulainya kembali diet secara bertahap 6 jam setelah pembedahan, setelah itu anak akan memasuki periode kenaikan berat badan yang cepat dan mengejar ketinggalan dengan anak-anak pada usia yang sama.