Komplikasi pascaoperasi yang paling umum adalah perforasi mukosa dan pyloromyotomy yang tidak lengkap, keduanya terjadi pada kurang dari 1% kasus. Perforasi mukosa mudah dideteksi selama prosedur dan segera ditangani oleh dokter bedah. Anak-anak dengan pyloromyotomy yang tidak lengkap akan terus mengalami muntah-muntah setelah pembedahan dan mungkin memerlukan operasi ulangan untuk membedah pyloromyotomy secara lengkap.