Sebagian besar anak-anak dengan stenosis pilorus hipertrofi kongenital sembuh sepenuhnya setelah pyloromyotomy dan kembali ke fungsi gastrointestinal normal. Studi tindak lanjut jangka panjang telah mengkonfirmasi bahwa kemungkinan kekambuhan setelah perawatan bedah sangat rendah. Jika anak terus mengalami muntah-muntah dalam waktu singkat setelah pembedahan, hal ini mungkin disebabkan oleh pembedahan yang tidak tuntas, dan dalam hal ini dokter bedah akan merawat secara konservatif selama 2-3 minggu dan jika gejalanya tidak membaik, pembedahan mungkin diperlukan lagi.