1. Nanah: Jumlah nanah bervariasi menurut panjang dan ukuran fistula. Fistula yang baru dibuat memiliki lebih banyak nanah, yang kental, berbau dan berwarna kuning, dan kemudian secara bertahap berkurang, kadang-kadang tidak, dan berwarna putih dan tipis. Jika ada peningkatan nanah secara tiba-tiba, itu berarti bahwa fistula baru telah dibuat. Kadang-kadang pembukaan luar ditutup sementara, aliran nanah berhenti, suhu naik, area membengkak dan abses terbentuk lagi. Bukaan luar yang tertutup kemudian ditusuk atau bukaan baru lainnya terbentuk dan nanah mengalir keluar lagi. Dalam kasus fistula internal dan eksternal yang tebal, feses dan gas kadang-kadang mengalir dari lubang eksternal. Nyeri: Jika fistula mengalir dengan bebas, biasanya tidak ada rasa nyeri, tetapi hanya perasaan bengkak dan tidak nyaman pada pembukaan luar, yang diperparah ketika berjalan. 3. Gatal-gatal: Kulit di sekitar anus terasa lembab dan gatal karena seringnya stimulasi sekresi, dan dapat terjadi perubahan warna kulit dan pengelupasan epidermis. 4. Buang air besar: Paling sering terlihat pada fistula anal berbentuk kuku, di mana fistula mengelilingi kanal anal dan membentuk cincin fibrosa semi-annular, sehingga memengaruhi diastol anal, dan buang air besar bisa terjadi. 5. Gejala sistemik: penyakit yang berkepanjangan dapat menyebabkan wasting, anemia, konstipasi dan kesulitan buang air besar.