Jika pembedahan invasif minimal tersedia, pembedahan invasif minimal jelas lebih baik dibandingkan dengan pembedahan tradisional. Sebagian besar operasi minimal invasif dilakukan dengan gel bioprotein atau sumbat fistula, yang umumnya kurang invasif dan tidak terlalu menyakitkan di bagian luar anus, dan pasien merasa sangat baik setelah operasi. Namun, persyaratan sebelum menggunakan bedah invasif minimal tinggi, biasanya jika fistula tidak terinfeksi akut, biasanya dalam fase non-akut atau setelah periode pengobatan antibiotik, dan peradangan pada fistula relatif ringan. Fistula harus dibersihkan berulang kali sebelum digunakan, dan kemudian diisi dengan gel bioprotein, atau dengan sumbat fistula anal, dll. Tentu saja, ada kemungkinan kambuh kembali setelah operasi. Perawatan tradisional relatif lengkap dan biasanya termasuk fistulotomi, fistulotomi atau jahitan fistula. Setelah pembedahan, akan ada luka di sekitar anus, yang biasanya menyakitkan bagi pasien, dan lukanya mungkin membutuhkan waktu lebih lama untuk sembuh, mungkin 2-3 minggu atau bahkan sebulan atau lebih.