Secara klinis, fistula anal umumnya diklasifikasikan ke dalam dua kategori berikut: fistula anal sederhana: adalah fistula yang hanya memiliki satu bukaan eksternal di kulit di sebelah anus. Kolokium anal nasional pertama pada tahun 1975 menetapkan standar klasifikasi terpadu untuk fistula anal, yang ditandai dengan garis yang ditarik melalui bagian dalam sfingter eksternal, dan fistula tinggi jika melewati di atas garis ini dan rendah jika melewati di bawah garis ini. Klasifikasinya adalah sebagai berikut: 1. Fistula anal sederhana rendah Hanya ada satu fistula yang lewat di bawah sfingter eksterna dalam dan bukaan internalnya berada di dekat sinus anal; 2. Fistula anal kompleks rendah Fistula lewat di bawah sfingter eksterna dalam dan memiliki lebih dari dua bukaan eksternal atau dua atau lebih tabung dan bukaan internalnya berada di sinus anal; 3. Fistula anal sederhana tinggi Fistula anal sederhana ada satu tabung yang lewat di bawah sfingter eksterna dalam dan bukaan internalnya berada di dekat sinus anal. Fistula anal sederhana tinggi Hanya ada satu tabung yang lewat di atas sfingter eksternal dalam dan bukaan internal berada di sinus anal; 4. Fistula anal kompleks tinggi dengan lebih dari dua lubang eksternal dan saluran dengan saluran sinus yang bercabang, yang tabung utamanya lewat di atas lapisan dalam sfingter eksternal dan memiliki satu atau dua atau lebih lubang internal. Fistula diklasifikasikan menurut hubungannya dengan sfingter: 1) fistula submukosa; 2) fistula intersfingter; 3) fistula trans-sfingter; 4) fistula supra-sfingter; 5) fistula ekstra-sfingter.