Fistula jarang sembuh secara spontan, dan pembedahan adalah pengobatan utama, sering kali menghasilkan penyembuhan, tetapi dengan tingkat kekambuhan tertentu. Dalam kasus di mana pembedahan tidak sesuai, pengobatan non-bedah dapat digunakan, biasanya untuk mengurangi gejala, mencegah fistula menyebar lebih dalam dan mengendalikan perkembangannya. Fistula anal, seperti abses paranal, berbeda dari infeksi di bagian lain tubuh karena terjadi di dekat anorektum, ada sumber infeksi tetap di anus atau rektum, lubang internal, dan lesi terletak di dalam sfingter anal, yang diastole dan kontraksinya dapat mempengaruhi drainase nanah. Oleh karena itu, begitu fistula dan abses paranal terjadi, terlepas dari tingkat keparahannya, tidak ada kemungkinan penyembuhan sendiri, dan pengobatan hanya meringankan gejalanya; satu-satunya cara untuk mencapai kesembuhan klinis adalah melalui perawatan bedah (termasuk kawat). Sudah banyak upaya untuk mengobati fistula dengan metode selain pembedahan, tetapi semuanya berakhir dengan kegagalan, dan sejauh ini belum ditemukan metode non-bedah untuk menyembuhkannya. Para ahli menyarankan bahwa yang terbaik adalah menggunakan operasi fistula anal pada tahap awal pengobatan, karena fistula anal umumnya sulit sembuh dengan sendirinya, jadi Anda harus memilih metode pengobatan yang efektif pada waktu yang tepat.