Perbedaan utama antara enteritis akut dan kronis adalah kecepatan proses penyakit. Namun demikian, untuk pasien dengan enteritis akut dan kronis, pengobatannya serupa. Penyebab utama enterokolitis diduga adalah virus, jamur atau bakteri. Langkah pertama dalam pengobatan adalah menemukan penyebab penyakit dan kemudian menggunakan obat yang ditargetkan sesuai dengan penyebabnya. Jika ini adalah infeksi bakteri, biasanya dianjurkan untuk menggunakan antibiotik sensitif secara oral atau intravena; jika ini adalah infeksi virus atau jamur, obat antivirus atau antijamur intravena atau oral dapat dipertimbangkan. Penderita enteritis akan mengalami sakit perut, mual, muntah dan diare. Jika organisme mengalami banyak diare dan dehidrasi lebih serius, pengobatan rehidrasi juga diperlukan, baik dengan garam rehidrasi oral atau infus intravena. Makanan harus bersih dan higienis dan sayuran serta buah-buahan harus dicuci sebelum dikonsumsi. Secara umum, pengobatan pasien dengan enteritis terutama pengobatan suportif terapeutik dan simtomatik, tergantung pada kondisi pasien, metode pengobatan juga sedikit disesuaikan.