Lokasi nyeri yang disebabkan oleh kista sakral perlu dianalisis berdasarkan kasus per kasus. Alasan utama rasa nyeri adalah bahwa kista menekan sumsum tulang belakang atau saraf perifer, misalnya, ketika saraf skiatik ditekan, rasa nyeri dirasakan di bokong, bagian belakang paha, betis bagian luar dan telapak kaki; ketika saraf gluteocutaneous ditekan, rasa nyeri terutama dirasakan di bagian dalam bokong dan daerah lumbar.