Pilihan pengobatan untuk diare berkaitan erat dengan penyebab diare yang menyebabkannya.
Pengobatan bervariasi tergantung pada penyebabnya, dan ada sejumlah tes yang harus dilakukan terlebih dahulu pada pasien untuk mengklarifikasi penyebabnya.
Diare yang disebabkan oleh infeksi bakteri diobati dengan antibiotik seperti levofloxacin.
Diare yang disebabkan oleh infeksi virus, yang biasanya sembuh sendiri dan diobati dengan modifikasi diet dan rehidrasi.
Dalam kasus infeksi protozoa, seperti disentri amuba, pengobatan dengan metronidazol diindikasikan.
Semua obat di atas harus digunakan di bawah pengawasan spesialis.