Ensefalitis dapat mempengaruhi kecerdasan karena ensefalitis dapat disertai dengan kerusakan neurologis dan infeksi, terutama selama periode kritis pertumbuhan dan perkembangan anak usia 0 hingga 2 tahun, ketika fungsi otak mudah terganggu dan memiliki dampak yang lebih besar pada kecerdasan. Namun, ada banyak kasus orang dewasa dengan ensefalitis, dan orang dewasa cenderung tidak mengalami gangguan kecerdasan karena ensefalitis daripada anak kecil.