Ensefalitis dapat mempengaruhi kecerdasan karena ensefalitis dapat disertai dengan kerusakan neurologis dan infeksi, terutama selama periode kritis pertumbuhan dan perkembangan anak usia 0 hingga 2 tahun, ketika fungsi otak mudah terganggu dan memiliki dampak yang lebih besar pada kecerdasan. Namun, ada banyak kasus ensefalitis pada orang dewasa, dan orang dewasa lebih kecil kemungkinannya mengalami gangguan kecerdasan akibat ensefalitis daripada anak-anak.