Mekanisme seperti perbaikan sel otak yang rusak dan pembentukan kembali fungsi sel otak sebagai kompensasi harus berfungsi secara efisien dalam kondisi lingkungan internal otak yang stabil. Integritas tengkorak dan stabilitas isi tengkorak (jaringan otak, darah, cairan serebrospinal) adalah dasar untuk mempertahankan lingkungan internal yang stabil untuk fungsi otak. Perubahan pada pengurungan tengkorak, perubahan volume jaringan otak, peningkatan atau penurunan suplai darah dan perubahan aliran peredaran darah cairan serebrospinal, semuanya dapat menyebabkan gangguan pada lingkungan intrakranial. Komplikasi umum dari cacat tengkorak, hidrosefalus, cairan intrakranial, dan atrofi jaringan otak setelah cedera otak, semuanya merupakan penghalang bagi pemulihan fungsi otak. Penanganan komplikasi ini adalah proses rekonstruksi struktural tengkorak dan otak, yang hanya dapat dicapai setelah rekonstruksi struktural tengkorak dan sel-sel otak diperbaiki dan fungsinya dibangun kembali. Penilaian dan penanganan komplikasi ini perlu dilakukan sebelum pelaksanaan pelatihan rehabilitasi untuk memastikan pemulihan fungsi otak yang rusak secara efisien dan maksimal. Sebagai analogi, kurungan tengkorak adalah seperti sistem pendingin ruangan, aliran darah otak adalah seperti sistem listrik ruangan, dan sirkulasi cairan serebrospinal adalah seperti sistem air dan pembuangan air di dalam ruangan. Hanya jika semua sistem ini diatur pada kondisi kerja yang stabil, maka ruangan tersebut akan menjadi ruangan yang berfungsi dengan baik dan sel-sel otak yang tinggal di dalamnya akan hidup.