Epilepsi disebabkan oleh pelepasan abnormal di korteks serebral. Menghilangkan jaringan otak lokal yang menyebabkan pelepasan abnormal atau menghancurkan jalur konduksi pelepasan abnormal dapat mengobati epilepsi sampai batas tertentu. Kriteria seleksi untuk pasien yang menjalani pembedahan adalah: 1) pasien telah didiagnosis dengan epilepsi refrakter karena hasil pengobatan rutin yang buruk dengan 2 atau lebih obat; 2) kejang secara serius mempengaruhi kualitas hidup atau pertumbuhan dan perkembangan anak; 3) status fisik dan mental anak dapat bekerja sama dengan evaluasi pra operasi; 4) fokus epileptogenik adalah lesi tunggal, bukan di area fungsional otak yang penting, dan pembedahan tidak akan menyebabkan kecacatan yang signifikan pada pasien; 5) pasien dapat ditemukan dengan metode non-invasif atau fokus epileptogenik dapat dilokalisasi dengan metode non-invasif atau invasif. Berdasarkan kontrol ketat terhadap indikasi pembedahan dan pilihan metode pembedahan yang berbeda, sekitar 70%-80% pasien anak dengan epilepsi refrakter dapat memperoleh manfaat dari pembedahan. Pembedahan adalah alat penting dalam pengobatan epilepsi refrakter, dan pembedahan yang tepat dapat menyebabkan kontrol kejang atau penyembuhan pada banyak pasien. Ada berbagai pendekatan pembedahan, tetapi satu-satunya prosedur yang diakui secara internasional memiliki kemanjuran yang paling definitif adalah reseksi fokus epileptogenik. Prosedur pembedahan lainnya termasuk corpus callosotomy, diseksi serat transversal meningeal multipel, dan stimulasi neuroelektrik, yang semuanya diterapkan pada kasus-kasus tertentu.