Bayi eksim sering kali secara genetis alergi, yang berarti ada kecenderungan eksim, asma, dan rinitis alergi yang menurun dalam keluarga; mereka rentan terhadap protein alergi; mereka sering kali mengalami peningkatan IgE serum dan peningkatan eosinofil darah. Oleh karena itu, alergen eksternal dapat berkontribusi pada perkembangan eksim. Alergen dibagi menjadi alergen makanan dan alergen inhalasi. Alergen makanan yang umum termasuk telur, susu, kacang tanah, gandum, kedelai, ikan, dan udang. Alergen inhalasi meliputi tungau debu, bulu binatang, spora jamur, dan serbuk sari. Tes alergen adalah tes IgE spesifik untuk alergen makanan atau inhalan dan ada dua tes yang umum digunakan, yaitu tes tusuk kulit dan tes darah. Tes tusuk kulit cepat dan mudah serta tidak mahal, sedangkan tes darah tidak terpengaruh oleh tingkat keparahan ruam atau obat yang digunakan, tetapi lebih mahal dan biasanya memerlukan vena jugularis untuk bayi di bawah usia satu tahun. Dokter dan orang tua dapat memilih tes yang sesuai dengan keadaan. Bayi yang terlalu muda untuk terpapar alergen yang mungkin terjadi dan untuk mengembangkan respons imun yang sesuai dapat menghasilkan hasil negatif palsu. Eksim dapat diredakan dengan menghindari alergen yang dicurigai pada bayi yang menderita eksim. Secara khusus, eksim dini berkaitan erat dengan alergi makanan. Bayi dengan eksim sedang hingga berat yang tidak sembuh dengan pengobatan konvensional harus sangat dicurigai mengalami alergi protein susu dan setelah didiagnosis, mereka harus menghindari susu formula biasa dan eksim mereka dapat membaik secara signifikan bila diganti dengan susu formula khusus. Beberapa orang tua mungkin mengikuti pengalaman mereka sendiri dan secara ketat menjauhkan diri dari makanan tertentu, yang dapat menyebabkan malnutrisi pada bayi. Tes alergen dapat mengklarifikasi apakah bayi Anda alergi terhadap makanan ini dan jika hasil tesnya negatif, Anda dapat mencoba mengonsumsi makanan ini untuk menghindari penghindaran yang tidak perlu. Penelitian telah menunjukkan bahwa seiring dengan pertumbuhan bayi, sensitivitas terhadap makanan berkurang dan alergi inhalasi meningkat, sehingga disarankan agar bayi dengan eksim diperiksa ulang untuk mengetahui alergennya enam bulan hingga satu tahun.