Pengobatan gastroenteritis didasarkan pada penyebab penyakit. Sefalosporin dapat digunakan untuk infeksi bakteri, sedangkan sefalosporin umumnya tidak direkomendasikan untuk infeksi virus. Untuk infeksi bakteri, bakteri yang umum termasuk Campylobacter, Shigella, Vibrio cholerae, dll. Antibiotik seperti levofloxacin, safranin dan sefalosporin dapat digunakan, bersama dengan obat untuk melindungi mukosa gastrointestinal dan untuk menghentikan diare. Infeksi virus yang menyebabkan gastroenteritis termasuk rotavirus, norovirus, astrovirus dan adenovirus enterik, dll. Antibiotik dapat menyebabkan diare atau mendorong pertumbuhan bakteri yang resistan terhadap obat, dan tidak dianjurkan. Selain itu, pengobatan sefalosporin tidak dianjurkan untuk gastroenteritis yang disebabkan oleh infeksi parasit, melainkan obat anti-parasit seperti artemisinin, kina dan trikostatin. Jika perlu, garam rehidrasi oral atau rehidrasi intravena dapat digunakan untuk mengisi kembali elektrolit untuk memastikan keseimbangan cairan dan menghindari dehidrasi. Selama masa pengobatan, makan makanan ringan, hindari rangsangan pedas, hidrasi, dan jaga kehangatan untuk menghindari gejala yang memperburuk.