Beberapa anak yang kami tangani dengan fobia sekolah memiliki gangguan bipolar, yang dapat menyulitkan diagnosis klinis. Karena gejala-gejala fobia sekolah cenderung lebih jelas, gejala-gejala tersebut lebih mudah untuk difokuskan, yang sering kali menutupi gejala-gejala gangguan bipolar yang menyertai, sehingga menyebabkan diagnosis yang tidak tepat. Fobia sekolah adalah gangguan yang bersifat kecemasan, dan gangguan kecemasan cenderung takut akan kematian, sehingga anak-anak yang fobia sekolah biasanya tidak berisiko bunuh diri. Namun, depresi bipolar pada gangguan bipolar memiliki risiko bunuh diri tertinggi dari semua penyakit mental, lebih tinggi dari depresi berat saja. Jadi, jika fobia sekolah juga mempengaruhi gangguan bipolar, dan gangguan bipolar kurang terdiagnosis, maka akan ada risiko kecelakaan dalam pengobatan. Oleh karena itu, dokter, dan juga konselor di fasilitas konseling, harus memberikan perhatian khusus pada apakah gangguan bipolar juga ada saat merawat anak-anak dengan fobia sekolah. Alasan lain untuk diagnosis yang terlewatkan adalah karena keberadaan fobia sekolah yang berdampingan dengan gangguan bipolar dapat menyebabkan gejala gangguan bipolar yang tidak lazim, misalnya, depresi cemas pada kasus depresi dan mania gelisah pada kasus mania. Karena anak-anak dengan fobia sekolah sering kali sensitif, paranoid, dan sosiopatik, ketika mengidap gangguan bipolar, presentasi klinis umum mereka terkadang terlihat seperti skizofrenia, yang dapat dengan mudah salah didiagnosis sebagai skizofrenia jika dokter tidak memiliki pemahaman yang menyeluruh mengenai kondisi tersebut.