Penyebab bibir sumbing dan langit-langit mulut belum sepenuhnya dipahami, tetapi secara umum dianggap terkait dengan beberapa faktor: 1. Kekurangan nutrisi, terutama kekurangan vitamin, sekarang dianggap sebagai faktor penting dalam menyebabkan kelainan bentuk bibir sumbing dan langit-langit mulut. Riwayat kekurangan gizi dan kekurangan vitamin (termasuk muntah berlebihan) pada trimester pertama kehamilan dapat membuat janin rentan terhadap bibir sumbing. 2. Obat-obatan tertentu seperti penghentian reaktif, aspirin, antibiotik tertentu, dan kortikosteroid dapat meningkatkan kejadian malformasi janin.