Penyebab sebenarnya dari fistula anal adalah infeksi kelenjar anal. Kelenjar anal biasanya terbuka di persimpangan anorektal sinus anal, dan sebagian besar dari mereka keluar melewati sfingter anal ke dalam ruang perianal, di mana mereka dapat terinfeksi dan membentuk abses di sekitar anus, yang dapat membentuk fistula ketika mereka rusak. Tentu saja ada beberapa pasien fistula anal yang belum tentu memiliki abses perianal, hal ini karena infeksi kronis yang tidak terdeteksi oleh pasien. Jadi kebanyakan fistula anal akan memiliki lubang eksternal, lubang internal dan kanal yang dapat terinfeksi berulang kali secara berulang-ulang sehingga membentuk proses abses-fistula-abscess. Pada kasus yang parah, infeksi dapat menembus ruang perianal ke sisi yang berlawanan atau lebih dalam sehingga terbentuk fistula anal yang tinggi atau fistula anal kompleks. Fistula harus diobati dengan pembedahan untuk menyembuhkannya. Namun demikian, pendekatan pembedahan sebelumnya memiliki kelemahan besar, dan biasanya insisi atau eksisi dilakukan untuk mengangkat fistula. Hal ini mau tidak mau melibatkan pemutusan atau pemutusan sebagian sfingter anal, dan dalam kasus fistula anal yang tinggi, kemungkinan memutuskan otot levator, yang bisa menyebabkan inkontinensia anal atau gangguan fungsi anal. Untuk operasi fistula anal tinggi sekarang diakui sebagai salah satu dari tiga masalah utama dunia dalam bedah umum. Sebuah artikel dari Amerika Serikat menyebutkan bahwa 48% pasien dengan kerusakan sfingter anal akan mengalami insufisiensi anal pasca operasi, seperti tumpahan pasca operasi dan ketidakmampuan untuk mengidentifikasi gas dan tinja longgar dengan baik. Jenis pembedahan ini juga bisa diikuti oleh agenesis anal, yang juga merupakan penyebab insufisiensi anal pasca operasi. Begitu disfungsi anal terjadi setelah operasi, maka tidak dapat diperbaiki dengan pembedahan, sehingga menjadi penyesalan untuk perawatan fistula anal. Jenis pembedahan ini juga akan memiliki kelemahan yaitu, setelah operasi tidak mengangkat sampai ke mulut bagian dalam fistula, sehingga mudah kambuh setelah operasi, sehingga ahli bedah cenderung memperbesar luka saat mengangkatnya, yang lebih mungkin menyebabkan kerusakan anal.