Batu ginjal bisa menyakitkan pada saat-saat tertentu dan tidak pada saat-saat lain, tergantung pada lokasi batu. Jika batu di ginjal menghalangi saluran keluar pelvis ginjal, air seni yang dihasilkan oleh ginjal tidak dapat mengalir dan dapat menumpuk di ginjal dan menyebabkan rasa nyeri. Namun demikian, jika batu meninggalkan sumbatan, air seni dalam ginjal kemudian dapat mengalir dengan lancar dan tekanan dalam ginjal turun, sehingga menghasilkan kondisi tanpa rasa sakit. Hal ini paling sering terlihat pada batu pelvis ginjal. Juga mungkin bagi batu ginjal untuk bergerak turun ke ureter dan menyebabkan berbagai tingkat penyumbatan ureter, yang dapat menyebabkan perubahan tekanan pada pelvis ginjal, rasa sakit ketika tekanan meningkat, dan menghilangkan rasa sakit atau tidak ada rasa sakit ketika tekanan menurun. Hal ini juga dapat dianggap sebagai tanda drainase batu dan memerlukan pemantauan dinamis USG atau CT untuk memahami lokasi batu dan sejauh mana penumpukan cairan. Ketika batu dibuang ke dalam kandung kemih atau keluar dari tubuh, nyeri punggung mungkin benar-benar lega atau hilang.