Tujuan transplantasi paru adalah untuk memperpanjang usia pasien dan meningkatkan kualitas hidup. Oleh karena itu, transplantasi paru terutama diindikasikan untuk pengobatan penyakit paru kronis stadium akhir. Secara teoritis, transplantasi paru harus dipertimbangkan pada pasien dengan penyakit paru kronis apa pun, yang, meskipun telah diupayakan upaya terbaik dan pengobatan konservatif yang wajar, telah mengalami penurunan fungsi paru yang progresif, tidak ada lagi pengobatan medis atau bedah yang memungkinkan, serta waktu kelangsungan hidup yang diharapkan pendek (kurang dari 2 tahun). Indikasi utama untuk transplantasi paru meliputi penyakit paru obstruktif kronik atau defisiensi a1-antitripsin/emfisema, fibrosis paru idiopatik, fibrosis kistik, dan hipertensi paru idiopatik. Melihat perubahan tahunan dalam spektrum penyakit transplantasi paru, proporsi fibrosis paru idiopatik cenderung meningkat sejak tahun 1995, sedangkan proporsi fibrosis kistik, hipertensi paru idiopatik, dan defisiensi a1-antitripsin cenderung sedikit menurun. Jumlah transplantasi paru tunggal pada dasarnya sama dengan transplantasi paru ganda dalam aktivitas transplantasi paru. Untuk penyakit paru obstruktif kronik dan fibrosis paru idiopatik, transplantasi paru tunggal lebih dari dua kali lebih sering dilakukan daripada transplantasi paru ganda; untuk emfisema defisiensi a1-antitripsin, transplantasi paru tunggal digunakan dengan frekuensi yang sama dengan transplantasi paru ganda; penyakit pembuluh darah paru seperti hipertensi paru idiopatik dan sindrom penyakit jantung bawaan sebagian besar merupakan transplantasi paru ganda, dan fibrosis paru kistik serta bronkiektasis terkait hampir selalu merupakan transplantasi paru ganda.